El sistema GNU fue diseñado para ser compatible con UNIX, un sistema operativo que no es libre.
Este sistema se lanzó bajo una licencia denominada copyleft, para que cualquier usuario pueda ejecutar, copiar, modificar o distribuir el sistema. Esta licencia está contenida en la Licencia General Pública de GNU (GPL).
Stallman creó en 1985 la FSF (Free Software Foundation o Fundación para el Software Libre) para proveer soporte logístico, legal y financiero al proyecto GNU.
GNU se volvió más popular, entonces empresas y particulares comenzaron a contribuir al sistema con productos y modificaciones.
Para 1990 el sistema GNU tenía un editor de texto llamado Emacs, un compilador de texto llamado GCC y muchas utilidades y bibliotecas similares a UNIX, pero le faltaba un componente clave, el kernel o núcleo. Se había intentado anteriormente hacerlo, pero por diversos motivos nunca prosperó.
Linus Torvalds en 1991 comenzó a escribir un núcleo que llamó Linux y lo distribuyó bajo licencia GPL, logrando que muchos programadores se unieran para desarrollarlo y lograron un núcleo compatible con Unix. Fue combinado en 1992 con el sistema GNU con excelentes resultados.
Actualmente existen múltiples sistemas operativos basados en GNU con kernel Linux y son conocidos como "GNU/Linux" o como una "distribución Linux".