Cuando las personas llaman «Linux» al sistema entero, consecuentemente llaman a todo el sistema por el mismo nombre que al núcleo. Esto causa muchos tipos de confusión, porque sólo los expertos pueden decir si una afirmación es sobre el núcleo o el sistema entero. Llamando «GNU/Linux» a todo el sistema, y llamando «Linux» al núcleo usted evita la ambigüedad.
Linus Torvalds fue influenciado parcialmente por una charla sobre GNU en Finlandia en 1990. Es posible que aún sin esta influencia él podría haber escrito un núcleo similar a Unix, pero probablemente no hubiese sido software libre. Linux se hizo libre en 1992 cuando Linus lo publicó bajo la GPL de GNU. (Vea las notas de publicación de la versión 0.12)
Aún si Torvalds hubiese publicado Linux bajo alguna otra licencia de software libre, un núcleo libre por su cuenta no hubiera sido una gran diferencia para el mundo. La importancia de Linux vino de su inclusión en un entorno más grande, un sistema operativo libre completo: GNU/Linux.